La microscopia confocale può essere usata per:
diagnosticare tutte le macchie dubbie o con dermoscopie difficili: sospette cheratosi attiniche, lentigo maligne, basaliomi, carcinomi squamocellulari, altro;
prima di trattamenti laser;
diagnosticare lesioni delle labbra o delle palpebre.
Non può essere usata per diagnosticare:
lesioni all'interno del cavo orale o oculari;
lesioni localizzate in aree difficili.